现有国家重点学科10个、上海市重点学科3个；国家、军队、上海市医学研究所、专科中心、实验室18个；有博士授权学科28个，硕士授权学科33个，是全军优秀临床医学博士后流动站。医院还是全军实验诊断重点实验室，国家药品临床研究基地，军队药品临床研究基地。

10个国家重点学科：骨科、普通外科、胸心外科、神经外科、泌尿外科、整形外科、野战外科、消化内科、中医科、影像诊断科。

3个军队医学研究所：全军骨科研究所、全军器官移植研究所、全军肾病研究所。

6个全军医学专科技术中心：全军临床免疫中心、全军急救医学中心、全军泌尿外科中心、全军神经外科中心、全军肺癌微创介入诊治中心、全军计划生育优生优育技术中心。

2个上海市临床医学中心：脊柱外科临床医学中心、急性创伤急救中心。

2个上海市医学领先专业重点学科：脊柱外科、颅脑外科。

医院还是全军实验诊断重点实验室，国家药品临床研究基地，军队药品临床研究基地。

 

六大传统优势学科：骨科、脑外科、肾内科、泌尿外科、急救科、整形外科。

八大新兴特色技术：器官移植、睡眠障碍治疗、微创手术（心内科、普外科、妇产科）、骨髓移植、真菌病的诊断与治疗、眼眶肿瘤治疗、癌症早期诊断与治疗、糖尿病及骨质疏松治疗。